Главными задачами инспекции является надзор за правильным пользованием поднадзорными судами на реках, водохранилищах, других водоемах и во внутренних морских и территориальных водах и базами (сооружениями) для их стоянок в целях обеспечения безопасности плавания этих судов, укрепления правопорядка на водоемах, охраны жизни людей на воде и окружающей среды, а также участие в работах по ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций в составе сил и средств краевой подсистемы Российской системы предупреждения и действий в чрезвычайных ситуациях (РСЧС) и ее функциональной подсистемы экологической безопасности.