Текущий контроль за ходом реализации программы осуществляет министерство образования и науки Красноярского края.
Текущий контроль за целевым и эффективным расходованием средств краевого бюджета осуществляет служба финансово-экономического контроля Красноярского края.
Контроль за законностью, результативностью (эффективностью и экономностью) использования средств краевого бюджета осуществляет Счетная палата Красноярского края.
Ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года Министерство направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края и об исполнении программы.
Ежегодно до 1 февраля года, следующего за отчетным, Министерство направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края доклад об исполнении программы с оценкой эффективности ее реализации, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год.