Контроль за ходом реализации программы осуществляет министерство образования и науки Красноярского края.
Контроль за целевым и эффективным использованием средств осуществляет служба финансово-экономического контроля Красноярского края.
Информацию о ходе реализации программы, целевом и эффективном использовании средств краевого бюджета представляют краевые государственные учреждения в министерство образования и науки Красноярского края в соответствии с соглашениями.
Министерство образования и науки Красноярского края ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики регионального развития Красноярского края информацию и отчет об исполнении программы.
Ежегодно до 1 февраля года, следующего за отчетным, министерство образования и науки Красноярского края направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края доклад об исполнении программы с оценкой эффективности ее реализации, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год.