Организация управления Программой осуществляется министерством здравоохранения Красноярского края. Министерство здравоохранения Красноярского края определяет промежуточные результаты и производит оценку реализации Программы в целом.
Контроль за исполнением Программы осуществляют служба финансово-экономического контроля Красноярского края, министерство здравоохранения Красноярского края.
Информация о ходе реализации Программы в части пунктов 1.4 - 1.6, 1.8 подраздела 2.6 Программы, целевом использовании средств краевого бюджета представляется органами местного самоуправления муниципальных образований Красноярского края в министерство здравоохранения Красноярского края в соответствии с соглашениями о взаимодействии в целях реализации Программы в 2009-2011 годах. Отчетные данные о ходе реализации Программы и целевом использовании бюджетных средств представляются ежемесячно в срок до 5 числа месяца, следующего за отчетным периодом.
Министерство здравоохранения Красноярского края после проверки и обработки полученных от органов местного самоуправления муниципальных образований Красноярского края данных ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края информацию об исполнении Программы, в министерство финансов Красноярского края - отчет об эффективности использования финансовых средств.