Организация управления Программой осуществляется министерством здравоохранения Красноярского края, которое несет ответственность за реализацию Программы, достижение конечного результата и эффективное использование финансовых средств краевого бюджета, выделяемых на выполнение Программы.
Контроль за исполнением Программы и целевым использованием средств краевого бюджета осуществляют служба финансово-экономического контроля Красноярского края и министерство здравоохранения Красноярского края в части реализации Программы краевыми государственными учреждениями здравоохранения края.
Министерство здравоохранения Красноярского края определяет промежуточные результаты и производит оценку реализации Программы в целом.
Краевые государственные учреждения здравоохранения, являющиеся исполнителями Программы, ежемесячно до 5-го числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 15 января очередного финансового года представляют в министерство здравоохранения Красноярского края информацию о ходе реализации соответствующих мероприятий Программы. Ответственность за достоверность представляемых отчетных данных несут руководители соответствующих учреждений.
Министерство здравоохранения Красноярского края после проверки и обработки информации, полученной от соответствующих краевых государственных учреждений здравоохранения, ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края информацию и отчет об исполнении Программы по форме, утвержденной Правительством Красноярского края.
Министерство здравоохранения Красноярского края до 1 февраля года, следующего за отчетным, направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края ежегодный доклад об исполнении Программы с оценкой эффективности ее реализации, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации Программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год.