Контроль за целевым и эффективным использованием средств краевого бюджета осуществляет служба финансово-экономического контроля Красноярского края.
Органы местного самоуправления Красноярского края - получатели средств на реализацию мероприятий Программы ежемесячно не позднее 5-го числа месяца, следующего за отчетным, представляют в органы исполнительной власти края, являющиеся главными распорядителями средств по соответствующим мероприятиям Программы, отчет об использовании средств, выделенных на реализацию Программы по соответствующим направлениям.
Органы исполнительной власти Красноярского края, являющиеся главными распорядителями средств по соответствующим мероприятиям Программы, ежемесячно не позднее 10-го числа месяца, следующего за отчетным, представляют отчет о ходе реализации Программы, целевом и эффективном использовании средств краевого бюджета по соответствующим направлениям (по субсидиям на реализацию муниципальных программ, направленных на повышение эффективности бюджетных расходов, отчет о ходе реализации Программы представляется в указанный срок, но не чаще наступления срока завершения реализации муниципальных программ, направленных на повышение эффективности бюджетных расходов, или их этапов в соответствии с порядком, установленным Правительством Красноярского края) в министерство финансов Красноярского края для обобщения и передачи в министерство экономики и регионального развития Красноярского края.
Ответственность за достоверность представляемых отчетных данных по объемам выполненных работ и направлениям использования выделенных средств возлагается на органы местного самоуправления муниципальных образований Красноярского края в соответствии с действующим законодательством.
Министерство финансов Красноярского края после проверки и обработки полученных от органов исполнительной власти Красноярского края, являющихся главными распорядителями средств по соответствующим мероприятиям Программы, данных составляет отчет об исполнении мероприятий Программы и ежемесячно до 15-го числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края информацию и отчет об исполнении мероприятий Программы.