Организация управления программой осуществляется министерством образования и науки Красноярского края. Министерство образования и науки Красноярского края по данным муниципальных образований определяет промежуточные результаты, контролирует целевое использование средств и производит оценку реализации программы в целом.
Контроль за осуществлением расходов бюджетов муниципальных образований Красноярского края, источником финансового обеспечения которых являются субсидии, возлагается на министерство образования и науки Красноярского края и службу финансово-экономического контроля Красноярского края.
Информацию о ходе реализации программы, целевом и эффективном использовании средств краевого бюджета органы местного самоуправления муниципальных образований края представляют в министерство образования и науки Красноярского края в соответствии с соглашениями.
Министерство образования и науки Красноярского края после обработки полученных от органов местного самоуправления муниципальных образований Красноярского края данных ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края информацию и отчет об исполнении программы и в министерство финансов Красноярского края отчет о реализации мероприятий программы.
До 1 февраля года, следующего за отчетным, министерство образования и науки Красноярского края направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края ежегодный доклад об исполнении программы с оценкой эффективности ее реализации, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год.