Контроль за ходом реализации программы осуществляет министерство образования и науки Красноярского края.
Контроль за целевым использованием средств осуществляет служба финансово-экономического контроля Красноярского края.
Информацию о ходе реализации программы, целевом и эффективном использовании средств краевого бюджета представляют органы местного самоуправления муниципальных образований края в министерство образования и науки Красноярского края в соответствии с соглашениями, заключенными между министерством образования и науки Красноярского края и администрациями муниципальных образований края.
Министерство социальной политики Красноярского края, министерство здравоохранения Красноярского края ежемесячно до 10 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 20 января очередного финансового года направляет в министерство образования и науки Красноярского края информацию и отчет об исполнении программы.
Министерство образования и науки Красноярского края ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края информацию и отчет об исполнении программы.
Ежегодно до 1 февраля года, следующего за отчетным, министерство образования и науки Красноярского края направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края доклад об исполнении программы с оценкой эффективности ее реализации, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год.