Организация управления Программой осуществляется министерством здравоохранения Красноярского края, которое несет ответственность за реализацию Программы, достижение конечного результата и эффективное использование финансовых средств краевого бюджета, выделяемых на выполнение Программы.
Контроль за исполнением Программы и целевым использованием средств краевого бюджета осуществляют служба финансово-экономического контроля Красноярского края, министерство здравоохранения Красноярского края, министерство социальной политики Красноярского края, министерство строительства и архитектуры Красноярского края.
Министерство здравоохранения Красноярского края определяет промежуточные результаты и производит оценку реализации Программы в целом.
Министерство строительства и архитектуры Красноярского края, министерство социальной политики Красноярского края, краевые государственные бюджетные учреждения здравоохранения "Краевая клиническая больница", "Красноярский краевой Центр медицинской профилактики" ежемесячно до 5-го числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 15 января очередного финансового года представляют в министерство здравоохранения Красноярского края информацию о ходе реализации соответствующих мероприятий Программы. Ответственность за достоверность представляемых отчетных данных несут руководители соответствующих министерств и учреждений.
Министерство здравоохранения Красноярского края после проверки и обработки информации, полученной от соответствующих министерств и краевых государственных бюджетных учреждений здравоохранения ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края информацию и отчет об исполнении Программы по форме, утвержденной Правительством Красноярского края.
Министерство здравоохранения Красноярского края до 1 февраля года, следующего за отчетным, направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края ежегодный доклад об исполнении Программы с оценкой эффективности ее реализации, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации Программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год.