Гражданская ассамблея имеет двухуровневую структуру, на первом уровне которой находятся общественные палаты, сформированные общественными объединениями края. На втором уровне находится формируемый общественными палатами и Губернатором края (по согласованию с Законодательным Собранием края) Совет ассамблеи.