2.1. Заказник "Мотыгинское многоостровье" организован с целью сохранения и восстановления природных комплексов (природных ландшафтов).
2.2. На заказник возлагается выполнение следующих задач:
сохранение биологического разнообразия ценного островного и пойменно-долинного комплекса р. Ангары;
сохранение водных биологических ресурсов;
сохранение среды обитания и путей миграции объектов животного мира;
сохранение, восстановление численности и обеспечение воспроизводства объектов животного и растительного мира, включая объекты, занесенные в Красные книги Российской Федерации и Красноярского края;
поддержание экологического баланса;
осуществление мониторинга объектов животного и растительного мира, проведение научно-исследовательских работ;
повышение экологической культуры населения, экологическое просвещение.
2.3. Перечень объектов, находящихся на территории заказника и представляющих особую ценность для сохранения биологического разнообразия региона:
редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды животных, занесенные в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Красноярского края:
черный аист (Ciconia nigra (L.), краснозобая казарка (Rufibrenta ruficollis (Pall.), клоктун (Anas formosa Georgi), скопа (Pandion haliaetus (L.), орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla (L.), беркут (Aquila chrysaetos L.), сапсан (Falco peregrinus Tunst.), филин (Bubo bubo (L.);
редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды животных, занесенные в Красную книгу Красноярского края:
большая выпь (Botaurus stellaris (L.), лебедь-кликун (Cygnus Cygnus (L.), большой подорлик (Aquila clanga Pall.), серый журавль (Grus grus (L.), большой кроншнеп (Numenius arquata (L.), воробьиный сыч (Glaucidium passerinum L.), вяхирь (Columba palumbus L.), сибирский таежный гуменник (Anser fabalis middendorffii Sev.) ангаро-тунгусской субпопуляции, сибирская лягушка (Rana amurensis Boul.), стерлядь (Acipenser ruthenus L.) ангарской популяции;