Организация и управление системой специального образования должны обеспечить эволюционность перехода от текущего состояния к новому качеству образования с учетом общих тенденций, характерных моментов текущего состояния специального образования в крае и изменений приоритетов государства: от государственного попечительства к системе государственного и негосударственного сопровождения ребенка с проблемами здоровья. Для этого необходимы следующие этапы:
I этап - стабилизация существующей системы дифференцированного обучения, обеспечение полного охвата специальными видами помощи детей с различными вариантами отклонений в развитии независимо от места нахождения ребенка.
II этап - постепенный переход к интеграции за счет базовой перестройки системы специального образования. Основа перестройки: идея ранней диагностики и коррекции недостатков в развитии, расширение системы дошкольного обучения с одновременной подготовкой условий интеграции в массовую школу, различных ее вариантов; специфика момента - в параллельном протекании процессов дифференциации и интеграции, а значит, и в управлении ими.
III этап - постепенное сворачивание сети специальных учреждений, реорганизация этой сети для работы со сложными и множественными дефектами по мере перехода значительного количества детей в систему интегрированного обучения, обеспечение функционирования и развития дифференцированной системы, как варианта образовательных услуг специального образования для детей, требующих глубокой профессиональной комплексной коррекционной работы.