5.1. Отдел возглавляет начальник, который назначается на должность и освобождается от должности Губернатором края - Председателем Совета администрации края по представлению руководителя аппарата Совета администрации края, после письменного согласования с Центральным шифровальным органом Администрации Президента Российской Федерации и Региональным управлением Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Красноярскому краю.
5.2. Начальник Отдела на основе единоначалия осуществляет руководство и организует работу Отдела, несет персональную ответственность за ее результаты.
5.3. Начальник Отдела:
определяет основные направления деятельности Отдела;
утверждает должностные инструкции специалистов Отдела;
вносит предложения Губернатору края - Председателю Совета администрации края по совершенствованию деятельности Отдела;
представляет на утверждение в Совет администрации края структуру Отдела;
организует взаимодействие Отдела с другими структурными подразделениями аппарата Совета администрации края, органами исполнительной власти края;
представляет кандидатуры для назначения на должность работников Отдела и вносит предложения об освобождении от должности работников Отдела;
решает вопросы о направлении работников Отдела в служебные командировки;
подписывает от имени Отдела служебные письма.