Председатель Счетной палаты назначается Законодательным Собранием края сроком на 5 лет. Председателем Счетной палаты может быть назначен гражданин Российской Федерации, имеющий высшее образование и опыт профессиональной деятельности в области государственного управления, государственного контроля, экономики и финансов.
Председатель Счетной палаты осуществляет в соответствии с Регламентом Счетной палаты руководство деятельностью Счетной палаты и несет ответственность за результаты ее работы.
Во исполнение возложенных на него полномочий председатель Счетной палаты издает приказы, осуществляет прием и увольнение сотрудников аппарата Счетной палаты, заключает хозяйственные и иные договоры.
Председатель Счетной палаты имеет заместителя, назначаемого Законодательным Собранием, который замещает председателя Счетной палаты в случае его отсутствия или временной невозможности выполнения им своих обязанностей, осуществляет контрольные функции и иные обязанности по поручению председателя Счетной палаты.