Аудиторы счетной палаты назначаются Законодательным Собранием края на срок на 5 лет по представлению председателя Счетной палаты. На должность аудиторов могут быть назначены граждане Российской Федерации, имеющие высшее экономическое образование и опыт работы в финансово-экономических структурах. Аудиторы возглавляют определенные направления деятельности Счетной палаты и руководят работой инспекторов Счетной палаты.
Аудиторы в рамках своих полномочий самостоятельно решают вопросы организации деятельности возглавляемых ими направлений и несут ответственность за их результаты.