5.1. Отдел возглавляет начальник, который назначается на должность и освобождается от должности Губернатором края - Председателем Совета администрации края в установленном порядке.
5.2. Действия начальника отдела координирует заместитель Губернатора края, курирующий деятельность отдела.
5.3. Начальник отдела:
организует работу отдела и руководит его деятельностью на основе единоначалия;
несет персональную ответственность за выполнение задач и функций отдела;
участвует в согласовании проектов постановлений, распоряжений Совета администрации края по вопросам, относящимся к компетенции отдела;
представляет Совет администрации края в отношениях с органами местного самоуправления, общественными объединениями и коммерческими организациями в пределах своей компетенции;
принимает участие в подготовке и реализации мероприятий, направленных на выполнение исследовательских работ по проблемам поддержки транспортного комплекса;
утверждает должностные инструкции работников отдела;
представляет на утверждение Губернатору края - Председателю Совета администрации края положение об отделе программ транспортного комплекса Совета администрации края;
представляет Губернатору края - Председателю Совета администрации края предложения о замещении должностей в отделе, вносит предложения о применении к работникам отдела мер поощрения или дисциплинарного взыскания.
5.4. Права, обязанности и ответственность работников отдела определяются законодательством Российской Федерации и Красноярского края, настоящим Положением и должностными инструкциями.