Организация реализации программы возлагается на Главное управление природных ресурсов администрации края, являющееся государственным заказчиком программы.
Государственный заказчик программы осуществляет проведение конкурсов на размещение контрактов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг, а также функции по контролю за исполнением государственных контрактов.
Государственный заказчик на договорной основе часть своих функций передает краевому государственному учреждению "Центр реализации программ по экологии и природопользованию Красноярского края", в том числе заключение с поставщиками, исполнителями работ, услуг государственных контрактов.
Главным распорядителем бюджетных средств, выделенных из краевого бюджета на реализацию программы, является Главное управление природных ресурсов администрации края, которое в соответствии с бюджетными заявками выделяет средства ГУ "Центр реализации программ по экологии и природопользованию Красноярского края" для финансирования государственных контрактов.
В соответствии с условиями заключенных государственных контрактов ГУ "Центр реализации программ по экологии и природопользованию Красноярского края" принимает работы и соответствующий отчет представляет в Главное управление природных ресурсов администрации края и Главное управление развития экономики и промышленности администрации края. Последнее включает эту информацию в ежеквартальный отчет о реализации всех краевых программ и представляет его в Законодательное Собрание края.
Контроль за реализацией программы осуществляется Главным управлением природных ресурсов администрации края. С целью оперативного контроля ежеквартально до 20 числа месяца, следующего за отчетным периодом, ГУ "Центр реализации программ по экологии и природопользованию Красноярского края" представляет отчет об исполнении краевой целевой программы в Главное управление природных ресурсов.
Производство работ, предусмотренных программой, осуществляется в соответствии с государственными контрактами, заключаемыми главным распорядителем средств краевого бюджета.
Порядок проведения конкурсов и аукционов по размещению краевых заказов по программе устанавливается в соответствии с действующим законодательством.