Заказ на выполнение программы формирует администрация края через комитет по науке и высшему образованию администрации края посредством заключения государственного контракта с исполнителями. Результаты научно-исследовательских работ, приобретаемое и изготавливаемое в ходе реализации программы оборудование является собственностью края.
Управление реализацией программы осуществляет комитет по науке и высшему образованию, который координирует работу исполнителей программы. Совещательным органом программы является научно-технический совет программы, утверждаемый постановлением Губернатора.
Исполнители программы ежеквартально представляют главному распорядителю, а тот - в Главное финансовое управление администрации края - отчет об использовании бюджетных средств на выполнение программ.