Руководство и контроль за ходом выполнения программы осуществляют органы управления АПК администрации края (Главное управление социально-экономического развития села, Главное управление продовольственных ресурсов, управление племенного дела в животноводстве, управление ветеринарии), которые являются распорядителями средств, выделяемых на реализацию программы.
Органы управления АПК администрации края несут ответственность за реализацию программы в установленные сроки и в соответствии с установленными приоритетами - за эффективное и целевое использование средств, направляемых на реализацию программы, в соответствии с действующим законодательством.
Распорядители средств, выделяемых на реализацию программы, проводят тендерные (конкурсные) отборы исполнителей мероприятий.
Исполнители мероприятий программы ежеквартально представляют соответствующим распорядителям отчет о ходе выполнения программы и целевом использовании бюджетных средств.
Ассигнования из краевого бюджета на реализацию мероприятий программы осуществляются с учетом ее корректировки на уровень инфляции и исходя из возможностей финансирования за счет бюджетных средств (согласно ст.6 Закона края "О краевых целевых программах" N 12-384 от 17 декабря 1996 года).
В целях оперативного контроля за ходом выполнения программы, своевременной корректировки механизма ее реализации и уточнения основных показателей организуется система непрерывного мониторинга, осуществляемая органами управления АПК при координирующей роли Главного управления социально-экономического развития села (ГУСЭРС).