Общее руководство и координацию деятельности по программе осуществляет управление по экологии и природным ресурсам администрации края.
Главными распорядителями бюджетных средств, предусмотренных на реализацию программы, является Главное финансовое управление администрации края, осуществляющее выделение субсидий, и государственное учреждение "Центр реализации программ по экологии и природопользованию Красноярского края", которое организует и осуществляет:
проведение конкурсов и определение исполнителя;
оформление задания исполнителям в соответствии с настоящей программой;
оформление договорной документации с исполнителями;
текущий контроль за выполнением мероприятий, в том числе ведет приемку промежуточных этапов работ;
приемку от исполнителя окончательной продукции;
контроль в части целевого использования бюджетных средств, представления отчетности, выполнения заданий по представлению услуг.
Указанные в программе исполнители определены в силу специфики выполняемых работ или практически завершают работы по ранее заключенным договорам, в том числе:
государственное унитарное предприятие "Красноярский научно-исследовательский институт геологии и минерального сырья", Среднесибирское территориальное управление по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, ОАО "Стальмаг".
Исполнители работ, которые не указаны в перечне мероприятий, определяются на конкурсной основе в соответствии с действующим законодательством.
Форма финансирования мероприятий программно - информационного блока и проектно-изыскательских работ определена в виде оплаты работ и услуг на основании заключенных договоров и бюджетных инвестиций.
Форма финансирования водохозяйственных работ (раздел 2) определена в виде выделения субсидий администрациям городов и районов.
Главные распорядители бюджетных средств обобщают полученную информацию, представляют ее и соответствующий отчет в Главное управление развития экономики и промышленности администрации края, которое включает эту информацию в ежеквартальный отчетный документ о реализации всех краевых программ для представления в Законодательное Собрание края.
Контроль за реализацией программы в целом осуществляет администрация Красноярского края в лице управления по экологии и природным ресурсам администрации края. С целью оперативного контроля ежеквартально до 20 числа месяца, следующего за отчетным периодом, в указанное управление представляется отчет об исполнении краевой целевой программы, подготовленный ГУ "Центр реализации программ по экологии и природопользованию Красноярского края".