5.1. Отдел возглавляет начальник, который назначается и освобождается от должности заместителем Губернатора края, руководителем аппарата администрации края в установленном порядке.
5.2. Действия начальника отдела координирует заместитель Губернатора края, курирующий деятельность отдела.
5.3. Начальник отдела:
организует работу отдела и руководит его деятельностью на основе единоначалия;
несет персональную ответственность за выполнение задач и функций отдела;
участвует в согласовании проектов постановлений, распоряжений администрации края по вопросам, относящимся к компетенции отдела;
представляет администрацию края в отношениях с органами местного самоуправления, общественными и экономическими объединениями в пределах своей компетенции;
принимает участие в разработке проектов договоров на выполнение исследовательских работ по проблемам поддержки транспортной политики;
утверждает должностные инструкции работников отдела;
представляет на утверждение заместителю Губернатора края, руководителю аппарата администрации края структуру отдела, штатное расписание, положение об отделе программ транспортного комплекса администрации края;
представляет заместителю Губернатора края, руководителю аппарата администрации края предложения о замещении должностей в отделе, вносит предложения о применении к работникам отдела мер поощрения или дисциплинарного взыскания.
5.4. Права, обязанности и ответственность работников отдела определяются законодательными актами Российской Федерации и Красноярского края, настоящим Положением и должностными инструкциями.