Контроль за целевым расходованием средств фонда осуществляется Счетной палатой Красноярского края, администрацией Красноярского края, территориальными подразделениями федерального органа управления государственным фондом недр и другими федеральными органами исполнительной власти в соответствии с их компетенцией.