Реализация подпрограммы связана с определенными рисками. Основными рисками являются следующие:
риск отклонения числа участников отдельных мероприятий подпрограммы от запланированного. Предусматривается ежегодная поддержка ограниченного числа начинающих фермеров и семейных животноводческих ферм в зависимости от выделяемых объемов средств из областного и федерального бюджетов. Фактическое число желающих участвовать в мероприятиях может быть как ниже, так и выше запланированного. Так как отбор претендентов планируется осуществлять с помощью организации конкурсов, необходимо обеспечить максимальную открытость конкурсных отборов для формирования доверия к мероприятиям подпрограммы;
риск превышения заявок на оформление земельных участков крестьянскими (фермерскими) хозяйствами. Средства предусмотрены на оформление в собственность в 2014-2016 годах 20,3 тыс. га земель сельскохозяйственного назначения. Предусматривается, что имеющаяся площадь сельскохозяйственных угодий у крестьянских (фермерских) хозяйств должна быть оформлена до 2017 года. В последующие годы на эти цели субсидии выделяться не будут. Это будет сдерживать оформление земель, особенно при покупке фермерами неиспользуемых земельных участков, находящихся в государственной и муниципальной собственности, так как выделение и оформление таких земель производится за счет приобретателя;
риск невыполнения целевых индикаторов по развитию кооперации. Существующее недоверие населения к кооперативам, отождествление кооперативов с колхозами могут затруднить рост, как численности членов, так и сумм паевых взносов в кооперативах.
Управление рисками осуществляется путем проведения разъяснительной работы в средствах массовой информации и информационно-телекоммуникационной сети Интернет, освещения положительного опыта работы кооперативов первого и второго уровней, разъяснения порядков проведения отбора участников мероприятий по развитию начинающих фермеров и семейных животноводческих ферм.
В связи со значительным разнообразием природы рисков, объектов рисков, их специфики, характерной для агропромышленного комплекса области, комплексностью целей подпрограммы, на достижение которых риски могут оказать свое влияние, комплексным влиянием природно-климатических, социально-экономических, внешнеэкономических факторов на достижение результата реализации подпрограммы, количественная оценка факторов рисков невозможна.