Текущий контроль за реализацией Программы осуществляет комитет здравоохранения администрации города Саратова путём заслушивания ежемесячных, ежеквартальных, полугодовых и годовых отчётов подразделений городской эпидемиологической службы, а также контрольные и финансовые органы администрации города в установленном порядке.
Отчёт о ходе выполнения Программы заслушивается в администрации города, на заседаниях постоянной комиссии по местному самоуправлению, вопросам социальной сферы, законности, защите прав населения Саратовской городской Думы. Один раз в год комитет здравоохранения администрации города Саратова отчитывается об исполнении Программы в Министерстве здравоохранения Саратовской области (по мероприятиям, финансируемым из областного бюджета).
Администрации города при представлении отчетов об исполнении Программы указывать объем средств, выделенных городу из федерального и регионального бюджетов, с указанием направления их расходования (абзац дополнительно включен на основании решения Саратовской городской Думы от 15.09.2005 N 62-605).