Проектирование и создание экологической сети осуществляется с учетом существующих и запланированных к образованию особо охраняемых территорий и иных природных объектов. Основными принципами проектирования, создания, управления, охраны и использования экологической сети являются:
пространственное разделение охраняемых территорий и земель с интенсивным хозяйственным освоением в целях обеспечения их взаимной стабильности и устойчивости;
репрезентативность экологической сети;
самодостаточность, экологическая устойчивость функциональных элементов;
дифференцированный подход, обеспечивающий соответствие пространственного размещения участков экологической сети и режима их функционирования существующим природным и социально - экономическим особенностям территории;
согласование развития экологической сети с социально - экономическим развитием области;
экологическая компенсация (выделение альтернативных участков при изъятии или изменении режимов функциональных элементов экологической сети).