Финансовое обеспечение реализации государственной программы осуществляется за счет средств областного, местных бюджетов, поступлений из федерального бюджета и внебюджетных источников.
Объем финансирования государственной программы в 2014 - 2019 годах составляет:
2014 год - 93375019,01 рубля;
2015 год - 73752305,14 рубля;
2016 год - 62259908,89 рубля;
2017 год - 54489498,00 рубля;
2018 год - 56924617,00 рубля;
2019 год - 57257951,00 рубля;
2020 год - 57257951,00 рубля.
Средства федерального бюджета предоставляются ежегодно в виде субвенций (на осуществление отдельных полномочий Российской Федерации) и субсидий (в рамках федеральной целевой программы "Развитие водохозяйственного комплекса Российской Федерации в 2012 - 2020 годах").