Финансовое обеспечение реализации государственной программы осуществляется за счет средств областного, местных бюджетов, поступлений из федерального бюджета и внебюджетных источников.
Объем финансирования государственной программы в 2014 - 2016 годах составляет:
2014 год - 93 375 019,01 рубля;
2015 год - 73 752 305,14 рубля;
2016 год - 55 240 759,00 рубля.
Средства федерального бюджета предоставляются ежегодно в виде субвенций (на осуществление отдельных полномочий Российской Федерации) и субсидий (в рамках федеральной целевой программы "Развитие водохозяйственного комплекса Российской Федерации в 2012-2020 годах").