Источниками финансирования государственной программы являются как средства областного бюджета, так и иные источники.
Общий объем финансирования государственной программы в 2014 - 2020 годах составляет 406716652,09 руб., в т.ч.:
средства областного бюджета - 259140459,0 рубля, в т.ч. по годам:
2014 год - 47684834,0 рубля;
2015 год - 55146848,0 рубля;
2016 год - 44547079,0 рубля;
2017 год - 44547079,0 рубля;
2018 - 2020 годы - 67214619,0 руб.;
средства федерального бюджета - 138917897,0 рубля, в т.ч. по годам:
2014 год - 43070597,0 рубля;
2015 год - 15719000,0 рубля;
2016 год - 15555900,0 рубля;
2017 год - 16143100,0 рубля;
2018 - 2020 годы - 48429300,0 рубля;
средства местных бюджетов - 8658296,09 рубля, в т.ч. по годам:
2014 год - 2619588,01 рубля;
2015 год - 2642679,08 рубля;
2016 год - 1582225,0 рубля;
2017 год - 1813804,0 рубля;
2018 - 2020 годы - 0,0 рубля.
Средства федерального бюджета предоставляются ежегодно в виде субвенций (на осуществление отдельных полномочий Российской Федерации) и субсидий (в рамках федеральной целевой программы "Развитие водохозяйственного комплекса Российской Федерации в 2012 - 2020 годах").