Комплексное управление программой осуществляет департамент сельского хозяйства Брянской области.
Система управления реализацией программы:
ответственным за реализацию программы в целом, достижение цели, задач программы, индикаторов цели, показателей задач и мероприятий, утвержденных в программе, является департамент сельского хозяйства Брянской области;
координацию деятельности подразделений департамента сельского хозяйства Брянской области, учреждений и организаций, участвующих в реализации программы, согласование их действий по реализации программных мероприятий осуществляет отдел растениеводства;
реализацию каждого мероприятия программы и, соответственно, реализацию программы в целом осуществляют отдел растениеводства и заинтересованные службы
Департамент сельского хозяйства Брянской области является главным распорядителем средств областного бюджета и осуществляет финансирование в порядке, установленном для исполнения областного бюджета;
мониторинг реализации программы осуществляют отдел растениеводства и отдел свода, анализа и прогнозирования;
ответственным за формирование отчетности о ходе реализации программы являются отдел растениеводства, отдел свода анализа и прогнозирования и отдел бюджетного финансирования.