Комплексное управление программой осуществляет департамент сельского хозяйства Брянской области.
Система управления реализацией программы:
ответственным за реализацию программы в целом, достижение целей и задач программы является департамент сельского хозяйства Брянской области;
координацию взаимодействия подразделений департамента сельского хозяйства Брянской области и организаций, участвующих в реализации программы, осуществляет отдел растениеводства;
финансирование программных мероприятий осуществляет отдел бюджетного финансирования;
мониторинг реализации программы осуществляют отдел растениеводства и отдел свода, анализа и прогнозирования;
ответственными за формирование отчетности о ходе реализации программы являются отдел растениеводства, отдел свода, анализа и прогнозирования и отдел бюджетного финансирования.