Комплексное управление программой и распоряжение средствами областного бюджета осуществляет комитет по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области.
Система управления реализацией программы:
ответственным за реализацию программы в целом, достижение целей, задач программы, индикаторов цели, показателей задач и мероприятий, утвержденных в программе, является комитет по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области;
координацию деятельности подразделений комитета по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области, учреждений и организаций, участвующих в реализации программы, согласование их действий по реализации программных мероприятий осуществляет отдел животноводства;
реализацию каждого мероприятия программы и, соответственно, реализацию программы в целом осуществляют отдел животноводства и заинтересованные службы;
финансирование программных мероприятий осуществляют отдел свода, анализа и прогнозирования и отдел бюджетного финансирования;
мониторинг реализации программы осуществляют отдел животноводства и отдел свода, анализа и прогнозирования;
ответственными за формирование отчетности о ходе реализации программы являются отдел животноводства, отдел свода, анализа и прогнозирования и отдел бюджетного финансирования.