Комплексное управление программой и распоряжение средствами областного бюджета осуществляет комитет по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области.
Система управления реализацией программы:
ответственным за реализацию программы в целом, достижение целей и задач программы является комитет по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области;
координацию взаимодействия подразделений комитета по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области и организаций, участвующих в реализации программы, осуществляет отдел по переработке и малым формам хозяйствования комитета по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области;
финансирование программных мероприятий осуществляет отдел бюджетного финансирования комитета по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области;
мониторинг реализации программы осуществляют отдел по переработке и малым формам хозяйствования и отдел свода, анализа и прогнозирования комитета по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области;
ответственными за формирование отчетности о ходе реализации программы являются отдел по переработке и малым формам хозяйствования, отдел свода, анализа и прогнозирования и отдел бюджетного финансирования.