Текущее управление реализацией программы и контроль за ее исполнением осуществляет администрация области. Общий контроль за реализацией программы осуществляет комиссия по информационной безопасности при Губернаторе Брянской области.
Отдел безопасности представляет в департамент экономического развития Брянской области и финансовое управление Брянской области отчёты о реализации программы в соответствии с постановлением администрации области от 16 августа 2005 года N 456 «Об утверждении Порядка разработки, утверждения и реализации ведомственных целевых программ», а также оценку эффективности реализации программы в соответствии с методикой, приведенной в разделе 7 программы.