Источниками финансирования подпрограммы являются как средства областного бюджета, так и иные источники.
Общий объем финансирования мероприятий подпрограммы составит 156575,0 тыс. рублей.
Бюджетные средства предоставляются на конкурсной основе в соответствии с действующим законодательством.
В 2008 году подписаны соглашения между администрацией Брянской области и Российским гуманитарным научным фондом (РГНФ), Российским фондом фундаментальных исследований (РФФИ) о сотрудничестве в области развития фундаментальной науки. В ноябре 2009 года заключено соглашение с Фондом содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере.
Реализация подпрограммных мероприятий даст возможность привлечь средства указанных фондов, а также участвовать в соответствующих федеральных целевых программах. Внебюджетных средств ежегодно в среднем планируется привлечь в размере 15000 тыс. рублей.