Государственным заказчиком программы является администрация Брянской области, которая осуществляет контроль за своевременной и качественной разработкой и реализацией программы.
Методическое руководство разработкой программы, координацию работ по оценке ее эффективности, а также контроль за реализацией программы осуществляет департамент экономического развития Брянской области. Текущее управление программой осуществляет комитет по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области.
Порядок использования средств по мероприятиям программы утверждается нормативными правовыми актами администрации Брянской области.
Заказчик и исполнители мероприятий программы в соответствии с действующим законодательством обеспечивают целевое и эффективное использование средств, выделяемых на реализацию программы.
Комитетом по сельскому хозяйству и продовольствию Брянской области устанавливается регулярная отчетность государственных учреждений - районных управлений сельского хозяйства, образовательных и научных учреждений о целевом и эффективном использовании выделенных бюджетных средств.
Заказчик программы представляет в департамент экономического развития Брянской области:
ежемесячно не позднее 15 числа месяца, следующего за отчетным, - подробную информацию об использовании средств, выделенных на реализацию программы, справочную и аналитическую информацию о реализации долгосрочной целевой программы (нарастающим итогом);
по долгосрочной целевой программе, срок реализации которой завершился в отчетном году, - доклад о выполнении программы.
Департамент экономического развития Брянской области ежемесячно до 30 числа месяца, следующего за отчетным, и ежегодно до 15 февраля года, следующего за отчетным, направляет Губернатору Брянской области и финансовому управлению Брянской области итоги реализации долгосрочных целевых программ за истекший период.