5.1. Управление возглавляет начальник управления.
5.2. Начальник управления назначается на должность и освобождается от должности Губернатором Брянской области по согласованию с Минсельхозом России.
Начальник управления одновременно является главным государственным ветеринарным инспектором Брянской области.
5.3. Начальник управления назначает и освобождает от должности заместителя начальника управления по согласованию с заместителем Губернатора Брянской области, курирующим деятельность управления, назначает и освобождает от должности работников управления.
5.4. Начальник управления:
осуществляет руководство порученной ему сферой деятельности на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на управление задач и функций, организует его работу, распределяет обязанности между своими заместителями и утверждает должностные инструкции работников управления;
обеспечивает выполнение в установленные сроки поручений администрации области, вышестоящих организаций Минсельхоза России;
организует целевое использование фондов и лимитов финансирования, а также материально-технических средств;
без доверенности действует от имени управления, представляет его интересы во всех органах государственной власти, судах, прокуратурах, предприятиях, организациях, учреждениях;
вносит предложения Губернатору области об утверждении структуры управления, штатной численности, сметы расходов, фонда оплаты труда;
распоряжается имуществом управления и подчиненных непосредственно управлению подведомственных учреждений в пределах действующего законодательства;
совершает в кредитных учреждениях предусмотренные законом денежные операции, в том числе открывает и закрывает текущие, расчетные и иные счета, подписывает чеки, платежные поручения, акцептует счета, выдает и принимает к платежу обязательства;
назначает и освобождает от должности по согласованию с органами местного самоуправления руководителей госветучреждений районов, города Брянска;
организует и проводит аттестацию руководителей госветучреждений районов, города Брянска и специалистов управления;
поощряет работников, привлекает их к дисциплинарной, материальной ответственности в соответствии с действующим законодательством;
создает резерв кадров на выдвижение и организует работу с ним;
утверждает уставы, сметы доходов и расходов учреждений непосредственного подчинения;
издает приказы и распоряжения, подписывает договоры, соглашения и акты, связанные с выполнением функций, возложенных на управление;
осуществляет иные полномочия в соответствии с действующим законодательством.
5.5. При начальнике управления в качестве совещательного органа создается коллегия. Положение о коллегии и её состав утверждаются начальником управления.
Коллегия рассматривает важнейшие вопросы, связанные с деятельностью управления.