В составе производственной структуры МТЛЦ выделены два крупных технологически взаимосвязанных транспортно-логистических комплекса, реализуемых последовательно по этапам создания логистического центра:
1. Многофункциональный терминальный комплекс (МФТК-1), создаваемый на площади в 10 га, включающий:
контейнерный терминал для приема и переработки большегрузных контейнеров;
автомобильный терминал с таможенной обработкой грузов и блоком сервисного обслуживания.
2. Мультимодальный транспортно-логистический центр с участием автомобильного и железнодорожного транспорта при совмещении технологии грузопереработки и предоставлении клиентуре полного комплекса транспортно-логистических услуг, формируемый на территории в 30 га (МФТК-2).