Контрольно-счетная палата состоит из председателя Контрольно-счетной палаты, заместителя председателя Контрольно-счетной палаты и аппарата Контрольно-счетной палаты.
Структуру и численность Контрольно-счетной палаты утверждает Брянский городской Совет народных депутатов по представлению председателя Контрольно-счетной палаты.
Штатное расписание Контрольно-счетной палаты утверждает председатель Контрольно-счетной палаты в пределах средств на содержание Контрольно-счетной палаты, предусмотренных в городском бюджете.