В состав программы входят следующие подпрограммы: "Автомобильные дороги (2004 - 2010 годы)", "Железнодорожный транспорт (2004 - 2006 годы)", "Реформирование пассажирского транспорта общего пользования (2004 - 2010 годы)", "Безопасность дорожного движения (2004 - 2010 годы)".