Организация реализации программных мероприятий и контроль за их исполнением возлагается на рабочую группу по выполнению программы развития объектов и услуг железнодорожного транспорта в Брянской области, возглавляемую заместителем Губернатора Брянской области, курирующим транспорт области. Рабочая группа определяет конкретных исполнителей мероприятий программы, порядок работы и информационного обеспечения, осуществляет координацию и контроль за эффективным использованием бюджетных средств, сроком, качеством и полнотой выполнения программных мероприятий.
Оперативное управление подпрограммой осуществляют Брянское отделение Московской железной дороги - филиал ОАО "Российские железные дороги" (по согласованию), комитет по промышленности и транспорту администрации области.
Ежегодный отчет о ходе выполнения мероприятий подпрограммы рассматривается на заседании коллегии администрации области.