Основными функциями отдела являются:
3.1. Реализация государственной политики в области химического разоружения, организация регионального уровня учета и контроля радиоактивных веществ и радиоактивных отходов на территории Брянской области.
3.2. Подготовка проектов нормативно-правовых актов области и необходимых документов, связанных с реализацией федеральной целевой программы "Уничтожение запасов химического оружия в Российской Федерации" на территории Брянской области.
3.3. Подготовка Губернатору области, заместителю Губернатора области, курирующему отдел, аналитических, справочных и других информационных материалов по вопросам, относящимся к компетенции отдела.
3.4. Подготовка и проведение совещаний и иных мероприятий по вопросам химического разоружения, учета и контроля радиоактивных веществ и радиоактивных отходов на территории Брянской области.
3.5. Участие в разработке мероприятий по предупреждению чрезвычайных ситуаций при хранении, перевозке и уничтожений химического оружия.
3.6. Осуществление совместно с представителями федеральных органов исполнительной власти приема международных инспекций Организации по запрещению химического оружия (ОЗХО) при инспектировании объектов по хранению и уничтожению химического оружия.
3.7. Участие в разработке планов мероприятий по обеспечению безопасности граждан, проживающих и работающих в зонах защитных мероприятий объектов по хранению и уничтожению химического оружия.
3.8. Взаимодействие с подразделениями Федерального агентства по атомной энергии по вопросам функционирования системы государственного учета и контроля радиоактивных веществ и радиоактивных отходов на региональном уровне.
3.9. Осуществление учета радиоактивных веществ и радиоактивных отходов на предприятиях и в учреждениях области в рамках системы государственного учета и контроля радиоактивных веществ и радиоактивных отходов (кроме предприятий и учреждений, подведомственных федеральным органам исполнительной власти).
3.10. Формирование компьютерной базы данных по проблеме химического разоружения, учету и контролю радиоактивных веществ и радиоактивных отходов на территории Брянской области.