Контроль за выполнением программы осуществляется комитетом по сельскому хозяйству и продовольствию и Брянской областной ассоциацией крестьянских (фермерских) хозяйств.
Комитет по сельскому хозяйству и продовольствию координирует работу исполнителей программы, финансирование мероприятий из областного бюджета, при необходимости вносит предложения в администрацию области и областную Думу по вопросам корректировок финансирования, уточнения сроков реализации программы.