Контроль за ходом выполнения мероприятий, заложенных в программу, осуществляет департамент здравоохранения администрации Брянской области, ФГУ "Центр Госсанэпиднадзора в Брянской области" (по согласованию), финансовое обеспечение - финансовое управление Брянской области.
Контроль ведется на основании статистической отчетности и включает в себя:
периодическую (ежеквартальную) отчетность исполнителей о реализации программных мероприятий:
контроль за целевым и эффективным использованием выделяемых средств.