Текущее управление реализацией программы и контроль за ее исполнением осуществляет спецотдел администрации области.
Общий контроль за реализацией программы осуществляет совет по защите информации при главе администрации области.
Спецотдел организует ведение отчетности исполнителей, ежеквартально представляет отчет, справочные данные и аналитическую информацию в комитет по экономической политике администрации области, ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям, конкретных исполнителей программы, готовит материалы на рассмотрение совета по защите информации.
Результаты реализации программы совет рассматривает на своих заседаниях по итогам полугодия, года и по окончании времени реализации программы.