Контроль за выполнением Программы возлагается на государственного заказчика - администрацию Сахалинской области, отдел национальной политики администрации Сахалинской области, которые взаимодействуют с Министерством по делам федерации, национальной и миграционной политике РФ, Министерством экономического развития и торговли РФ и другими федеральными органами исполнительной власти, органами местного самоуправления Александровск-Сахалинского, Охинского, Поронайского, Ногликского, Тымовского и Смирныховского районов, на территории которых проживают народы Севера, департаментами, управлениями, комитетами и отделами администрации Сахалинской области и информируют Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политике РФ, Сахалинскую областную Думу по итогам года о реализации Программы.
Отдел национальной политики администрации Сахалинской области координирует работу исполнителей, финансирование мероприятий Программы, отвечает за привлечение внебюджетных средств и средств местных бюджетов, обеспечивает эффективное использование средств, выделяемых на реализацию Программы.
При сокращении объемов финансирования Программы из федерального бюджета отдел национальной политики администрации Сахалинской области совместно с Главным финансовым управлением и комитетом экономики администрации Сахалинской области корректируют перечень мероприятий и вводимых объектов на очередной финансовый год, определяют приоритеты, принимают меры по привлечению внебюджетных средств для финансирования Программы. Изменения в финансировании отражаются в бюджетной заявке на финансирование Программы из федерального бюджета на очередной финансовый год. Администрация Сахалинской области представляет в Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политике Российской Федерации ежегодный и ежеквартальные отчеты о ходе реализации Программы с внесением предложений по совершенствованию работы.