1. В пределах своей компетенции решает вопросы об отнесении особо охраняемых природных территорий к объектам федеральной собственности. Вносит предложения в Правительство Российской Федерации об изменении границ, об изменении статуса особо охраняемых природных территорий федерального и областного значения.
2. Принимает решение о создании особо охраняемых природных территорий областного значения, устанавливает правовой режим территорий традиционного природопользования.
3. Осуществляет управление особо охраняемыми природными территориями областного значения, контролирует соблюдение установленного природоохранного режима.
4. Принимает решения о резервировании земельных участков для планируемых особо охраняемых природных территорий и об ограничении на них хозяйственной деятельности.
5.Ведет государственный кадастр особо охраняемых природных территорий областного значения.
6. Запрещает строительство экологически вредных объектов, принимает решения об ограничении, приостановлении, прекращении деятельности объектов, не соответствующих требованиям природоохранного законодательства, на особо охраняемых природных территориях.
7. Разрабатывает и обеспечивает выполнение программ по развитию особо охраняемых природных территорий.
8. Осуществляет в пределах своей компетенции в установленном порядке внешнеэкономическую деятельность, направленную на привлечение инвестиций для развития системы особо охраняемых природных территорий и рационального использования их природных ресурсов.
9. Осуществляет иные полномочия в сфере организации, охраны, использования особо охраняемых природных территорий, в соответствии с законодательством Российской Федерации, законодательством Cахалинской области.