Управление региональным фондом осуществляют губернатор Сахалинской области и комиссия при администрации Сахалинской области по распределению федеральных финансовых средств и управлению Сахалинским региональным фондом государственной финансовой поддержки завоза продукции (товаров) в область (далее - Комиссия), создаваемая администрацией Сахалинской области. В состав членов комиссии входят представители администрации Сахалинской области и Сахалинской областной Думы.