Счетная палата строит свою работу на основе годовых и текущих планов и программ, которые формируются, исходя из необходимости обеспечения всестороннего системного контроля за исполнением областного бюджета, с учетом всех видов и направлений деятельности Счетной палаты.
Планирование осуществляется на основе разработанных Счетной палатой для этих целей технико-экономических норм и нормативов, контрольных и ревизионных стандартов, методических указаний, обязательному включению в планы программы работы Счетной палаты подлежат поручения областной Думы. Письменные обращения комитетов и комиссий Сахалинской областной Думы включаются в программу работы Счетной палаты в порядке очередности.
Обязательному рассмотрению при формировании планов и программ работы Счетной палаты подлежат запросы губернатора Сахалинской области, комитетов и комиссий Сахалинской областной Думы.
Проект годового плана рассматривается и утверждается председателем Сахалинской областной Думы.
Внеплановые контрольные мероприятия проводятся на основании постановлений областной Думы.