Контроль за реализацией Программы будет осуществляться государственным заказчиком - департаментом здравоохранения Кировской области. Департамент здравоохранения Кировской области будет контролировать выполнение мероприятий Программы, анализировать результаты в соответствии с запланированными показателями эффективности ее реализации, координировать деятельность по направлениям Программы.
Государственный заказчик Программы представляет отчеты о ходе реализации Программы в Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации, департамент экономического развития при Правительстве области, департамент финансов Кировской области, формирует бюджетные заявки в Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации в рамках федеральной целевой программы "Предупреждение и борьба с социально значимыми заболеваниями (2007-2011 годы)", заключает государственные контракты (договоры) на поставку медикаментов, медицинского оборудования, компьютерного оборудования, на оказание услуг, выполнение работ с поставщиками (подрядчиками, исполнителями), определяемыми на конкурсной основе в соответствии с Федеральным законом от 21.07.2005 № 94-ФЗ "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд".