Управление реализацией Программы осуществляет департамент, который является также Государственным заказчиком, и заключает соответствующие государственные контракты с поставщиками (подрядчиками, исполнителями). Департамент наделяется финансовыми ресурсами, выделяемыми для выполнения Программы и всеми правами распоряжения ими в соответствии с действующим законодательством.
Обязательным элементом механизма реализации Программы являются ежеквартальные и годовой финансовые отчеты получателей субсидий.
Неотъемлемым элементом механизма реализации Программы является организация социально-экономического мониторинга ее выполнения. Мониторинг должен обеспечивать обратную связь с объектами и субъектами осуществляемых преобразований. С помощью мониторинга выявляется реакция последних на реализуемые мероприятия, последствия тех или иных мер, предусмотренных в программе. На основе поступающей в рамках мониторинга информации проводится дифференцированный анализ экономической и социальной ситуации на селе, отношения сельского населения, руководителей, специалистов и работников АПК к узловым вопросам проводимых преобразований. На основе результатов анализа в
Программу своевременно вносятся необходимые коррективы, что позволяет исключить издержки, неизбежно сопровождающие любое реформирование.
Координация выполнения Программы заключается в обеспечении согласованных действий всех уровней управления и исполнителей, участвующих в ее выполнении.